R语言每个半年进行一次升级，同时Bioconductor也同时升级。然而其他平台的R并没有同步，比尔yum源，apt源，bioconda源等，这就造成不同步的问题，等到这些源做了升级，已经过了三个月，距离下次R升级又临近了。另外，有些R包比较难安装，尤其是在Linux系统下，要安装很多依赖，这个还好说，但是遇到要升级某个系统配置或者降级的时候就比较坑了，让人抓狂。所以，还是利用conda来管理R和R包吧。
bioconda
bioconda是一个管理生物信息软件的一个工具软件，我经常和别人讲其类似于苹果的Appstore，可以在里面进行搜索，下载，安装，升级，删除等等操作，目前已经是最好的生物软件管理工具了，尽管前面我提到因为bioconda的目录很乱，我不喜欢用，但还是非常推荐给大家。bioconda最大的一个好处是普通账户也可以安装很多工具，比如之前如果缺少个库，管理员一条命令就完成了，但是普通用户自己编译比登天还难，还得修改bashrc。
conda本来是用于管理python包的，但是太好用了，有了bioconda来管理生物软件，这其中除了包括传统生物软件，还可以同时用来管理perl，R等包，毕竟很多生物软件就得依赖perl或者R的包吗。